水平电泳仪和垂直电泳仪是电泳技术中常用的两种仪器，它们在多个方面存在显著的区别。主要区别在于电泳槽的布局和使用的介质。以下是对这两种电泳仪的详细比较：

一、电泳槽方向

1、水平电泳仪：电泳槽平放，样品涂抹于凝胶的表面，电极平放于凝胶两端，电场垂直于凝胶面。

2、垂直电泳仪：电泳槽竖立，样品被注入到凝胶的槽内，电极则放置于凝胶上方和下方，电场与凝胶垂直。

二、电泳仪布局

1、水平电泳仪：在电泳槽中，样品溶液和电极都位于同一水平面上。这种电泳仪通常用于分离较小的DNA片段或RNA，因为它们在电场中的迁移距离较短，适合在水平方向上进行分离。

2、垂直电泳仪：样品溶液和电极都垂直设置，通常在聚丙烯酰胺凝胶中运行。这种电泳仪适用于分离较大的分子，如蛋白质，因为它们可以在凝胶中的垂直通道中充分迁移。

三、使用的介质

1、水平电泳仪：通常使用琼脂糖凝胶或醋酸纤维素膜作为支持介质。

2、垂直电泳仪：主要使用聚丙烯酰胺凝胶，特别是用于蛋白质的分离和纯化。

四、操作难度

1、水平电泳仪：样品在电泳过程中不需要调整位置，操作难度相对较小，适合初学者和经费有限的实验室使用。

2、垂直电泳仪：由于电极放置在凝胶上下两端，电场垂直于凝胶，因此样品在电泳过程中会向两端漂移。这可能需要不断调整电场强度和时间，以使样品均匀分布在凝胶中，操作难度相对较大。

五、市场价格

1、水平电泳仪：价格相对较低，适合初学者和经费有限的实验室使用。

2、垂直电泳仪：价格较高，但其强大的分离效率和分离能力使得它成为需要高分辨率分离的实验室的第一选择。

水平电泳仪和垂直电泳仪在电泳槽方向、适用范围、操作难度和价格等方面都存在显著的差异。实验者在选择电泳仪器时，应根据实验需要进行选择。例如，如果需要分离蛋白质或小分子量的DNA和RNA，且操作预算有限，那么水平电泳仪可能是一个更好的选择。而如果需要分离大分子量的DNA和RNA，且需要高分辨率的分离效果，那么垂直电泳仪则更为合适。