倒置荧光显微镜由荧光附件与倒置显微镜有机结合构成的，是为了适应生物学、医学等领域中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微观察。仪器配有长工作距离平场消色差物镜、大视野目镜、双目观察、超长工作距离聚光镜、衬装置及长工作距离平场相衬物镜。 是生物学，细胞学，肿瘤学，遗传学，免疫学等研究工作的理想仪器。可供科研、高校、医疗、防疫和农牧等部门使用。

倒置荧光显微镜是近代发展起来的新式荧光显微镜，激发光从物镜向下落射到标本表面，用同一物镜作为照明聚光器和收集荧光的物镜。光路中需加上一个双色束分离器，它与光铀呈45度角，激发光被反射到物镜中，并聚集在样品上，所产生的荧光、物镜透镜表面、盖玻片表面反射的激发光同时进入物镜，反回到双色束分离器，使激发光和荧光分开，残余激发光再被阻断滤片吸收。

倒置显微镜多用于无色透明的活体观察，在倒置显微镜的基础上添加一套荧光附件：激光激发块，荧光光源，荧光照明器，激发块切换装置，即可进行倒置荧光观察。进口显微镜都有相应的倒置荧光显微镜，如奥林巴斯的IX71倒置荧光显微镜，CKX41倒置荧光显微镜。